基于文冠果(Xanthoceras sorbifolium Bunge.)基因组SSR标记的开发及初步验证

[目的]基于文冠果全基因组信息开发文冠果 SSR 标记,为文冠果种质资源鉴定和遗传图谱的构建奠定基础。[方 法]以文冠果基因组为分析材料,分别利用 Krait、Primer 软件查找 SSR 位点和设计 SSR 引物,并利用 1%琼脂糖凝胶和聚乙丙烯凝胶进行初步筛选和多态性筛选。[结果]结果可知,文冠果全基因组全长 477 586 502 bp,共存在 253 336 个 SSR位点,平均每 1 870 bp 出现一个SSR 位点,GC 含量为 34.96%;不同染色体上的 SSR 位点数量不同,其中,SSR 位点数量最多的是 1号染色体,SSR 位点数量最少的是 15 号染色体。SSR 位点的平均长度为 18.92 bp,且重复单元中单核苷酸到六核苷酸的数量呈下降趋势。SSR 位点的重复次数主要集中在 4～13 次重复范围内,且同一重复类型,重复次数越多,SSR 位点出现的频率越低。文冠果基因组中共存在 268 种 SSR 重复类别,重复基元种类随重复次数增加而增加。单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸的重复单元中,出现最多的分别是 A/T,AT/AT,AAG/TTC,AAAT/TTTA,AAAAT/TTTTA 和AAAACG/TTTTCG,显示出明显的 A/T 偏好性。虽然不同的 SSR 重复单元的序列长度有所不同,但其均显示出 SSR 重复单元的序列长度的增加,而 SSR 位点数减少的趋势。进一步利用 6 份不同种源的文冠果对待测引物进行多样性分析,得到 30 对条带清晰、多态性好的 SSR 引物。[结论]文冠果基因组 SSR 位点具有较高的出现频率和分布密度,基元类型和重复次数相对较高,具有高多态性的潜能,可以进行有目的的引物设计和开发。