元宝枫全基因组简单重复序列标记的开发及可转移性分析
元宝枫(Acer truncatum Bunge)是一种多用途木本树种,在生物活性物质和不饱和脂肪酸(尤其是神经酸)的生产方面具有较高的经济和药用价值。然而,由于缺乏完善的分子标记系统,元宝枫种质资源的开发和评价受到限制。基于元宝枫全基因组序列开发了一套简单重复序列(SSR)标记。1)在基因组序列中共鉴定出 462331 个SSR位点,其中 99.3%(459193)位于 13 条染色体上。染色体长度与染色体上的SSR位点数目呈正相关(r=0.997,P<0.001)。(A/T)n、(AT/TA)n和(AAT/ATT/TAA/TTA/TTA/TAT/ATA)n分别是最常见的单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基序,表现出A/T碱基偏倚。2)通过BLASTN和电子聚合酶链式反应(PCR)分析,筛选出 199990 个具有特定物理位置的位点。3)大多数SSR位点位于基因间区,且编码序列(CDSs)中的位点最少。具有三核苷酸和六核苷酸重复基序的位点在CDSs中的频率最高,可能有利于维持基因功能和结构的稳定性。4)在随机选择的 105 个SSR标记中,82 个(78.1%)表现出等位基因多态性,多态性信息含量(PIC)为 0.032~0.926(平均 0.481)。非编码区中SSR的PIC显著高于CDS中的SSR.5)105 个标记在其他 7 种槭属植物中的可转移性为 48.6~59.0%。大量的有效SSR标记为槭属植物的群体遗传学、保护遗传学、连锁图谱、比较基因组学和分子标记辅助育种研究提供了有力工具。
龙羿辛;王君;
北京林业大学 林木遗传育种全国重点实验室,林木育种与生态修复国家工程研究中心,生物科学与技术学院,北京 100083;北京林业大学 林木遗传育种全国重点实验室,林木育种与生态修复国家工程研究中心,生物科学与技术学院,北京 100083;
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